PROGETTAZIONE MOLECOLARE E RELAZIONI STRUTTURA PROPRIETA'
Anno accademico 2017/2018 - 1° annoCrediti: 6
SSD: CHIM/06 - CHIMICA ORGANICA
Organizzazione didattica: 150 ore d'impegno totale, 108 di studio individuale, 42 di lezione frontale
Semestre: 2°
Obiettivi formativi
Obiettivo del corso è la selezione“intelligente” di nuove strutture da sintetizzare utilizzando le potenzialità della chemioinformatica nella progettazione molecolare
Prerequisiti richiesti
Conoscenze di base di chimica organica e statistica multivariata
Frequenza lezioni
Obbligatoria
Contenuti del corso
Rappresentazione delle strutture molecolari e creazione di databases strutturali. La meccanica molecolare. La dinamica molecolare. Le cariche negli atomi e nelle molecole. Descrittori molecolari. Metodologie multivariate per lo studio delle relazioni quantitative fra struttura molecolare e proprietà macroscopiche (QSPR) o attività biologica (QSAR).
QSAR. Il docking molecolare. Il metodo GRID. Due importanti descrittori molecolari: pKa, log P.
Progettazione di architetture supramolecolari:dalle molecole alle "supramolecole" mediante self-assembly ordinato.
Testi di riferimento
appunti dalle lezioni
Programmazione del corso
| * | Argomenti | Riferimenti testi | |
|---|---|---|---|
| 1 | * | Coordinate spaziali, matrice Z, superfici di energia potenziale | |
| 2 | * | Meccanica Molecolare, Force Fields, Minimizzazione energetica | |
| 3 | * | Dinamica Molecolare, Cenni sui metodi Ab-Initio e Semiempirici | |
| 4 | Utilizzo di software per progettazione molecolare | ||
| 5 | GRID, ALMOND | ||
| 6 | * | Descrittori molecolari: pKa e logP | |
| 7 | * | Progettazione Supramolecolare: il legame ad idrogeno |
N.B. La conoscenza degli argomenti contrassegnati con l'asterisco è condizione necessaria ma non sufficiente per il superamento dell'esame. Rispondere in maniera sufficiente o anche più che sufficiente alle domande su tali argomenti non assicura, pertanto, il superamento dell'esame.
Verifica dell'apprendimento
Modalità di verifica dell'apprendimento
Colloquio orale sugli argomenti svolti durante il corso e breve relazione su articolo scientifico inerente la materia
Esempi di domande e/o esercizi frequenti
1. simulare la matrice z del benzene
2. differenze tra metodi ab-initio e semiempirici
3. elencare i principali Force Fields di dinamica molecolare