PROGETTAZIONE MOLECOLARE E RELAZIONI STRUTTURA PROPRIETA'
Anno accademico 2018/2019 - 1° annoCrediti: 6
SSD: CHIM/06 - CHIMICA ORGANICA
Organizzazione didattica: 150 ore d'impegno totale, 108 di studio individuale, 42 di lezione frontale
Semestre: 2°
Obiettivi formativi
Il corso mostrerà la rilevanza della chemioinformatica nella ricerca chimica. Nonostante i metodi chemioinformatici siano applicati prevalentemente in campo chimico-farmaceutico, lo studente sarà sensibilizzato sulla possibilità di applicare tali metodologie a svariati campi della chimica. Questo corso ha anche quale obiettivo quello di fornire agli studenti le basi relative all'applicazione della chimica organica fisica alla progettazione di farmaci. In particolare, si discuteranno le principali proprietà chimico-fisiche e ADME che definiscono le proprietà di un farmaco o di un candidato farmaco, con l'obiettivo di saperle modulare attraverso la modifica della struttura chimica dei composti organici in esame. |
Modalità di svolgimento dell'insegnamento
L'insegnamento si svolgerà tramite la trattazione dei vari argomenti riportati in programma e prevederà delle giornate dedicate ai chiarimenti dei dubbi e alla simulazione dell'esame orale da sostenere.
Prerequisiti richiesti
Al fine di comprendere ed applicare i concetti e le tecniche oggetto del corso, è necessario avere conoscenze di chimica organica e di chimica analitica di base.
Frequenza lezioni
Fortemente consigliata seppur non obbligatoria per sostenere l’esame
Contenuti del corso
Concetti di chemiometria
Rappresentazione molecolare (grafi, fingerprint, MIF) e minimizzazione
molecolare.
Descrittori molecolari avanzate. QSAR e 3D-QSAR.
Descrittori molecolari circolari: il metodo Moka.
Descrittori molecolari 3D: il metodo VolSurf.
Applicazioni del metodo VolSurf nel campo dell'ADME
Metodi di calcolo di bitstrings e fingerprints. Metodi di calcolo similarità molecolare.
Il metodo Flap per il calcolo della similarità molecolare.
Il metodo Flap per il calcolo dell'affinità con macromolecole.
Metodi computazionali per la predizione del metabolismo. Il metodo MetaSite. Esercitazioni al computer
Testi di riferimento
- Dispense fornite dal docente
Programmazione del corso
Argomenti | Riferimenti testi | |
---|---|---|
1 | Concetti chemiometria | appunti |
2 | Moka | appunti |
3 | GRID | appunti |
4 | Volsurf | appunti |
5 | Fingerprint | appunti |
6 | FLAP | appunti |
7 | Metasite | appunti |
Verifica dell'apprendimento
Modalità di verifica dell'apprendimento
Esame orale ed esercitazione al PC
Esempi di domande e/o esercizi frequenti
Gli argomenti trattati sono tutti egualmente importanti. Non ci sono domande preferenziali.